Realizando backup do banco de dados
Remove o banco de dados propriamente dito no console do MySQL:
DROP DATABASE bancodedados;
Pare o serviço do MySQL:
Remova o arquivo ibdata1
Insira as linhas abaixo no arquivo /etc/my.cnf
innodb_buffer_pool_size = 1028M innodb_file_per_table=1
Inicie o serviço mysqld
Recria o banco de dados no console do MySQL
CREATE DATABASE bancodedados;
Restaura o backup dos banco de dados removido:
FONTE:
http://wiki.adilson.net.br/linux/banco-de-dados/mysql/tamanho-do-ibdata1
http://lrodrigo.sgs.lncc.br/wp/d19icas/reciclando-o-espaco-utilizado-pelo-arquivo-ibdata1-do-mysql/